Rata-rata orang pasti lebih tahu jika Sunan Giri ada di Dusun Giri Gajah, Desa Giri. Banyak yang mengira bahwa pusat pemerintahan dan pusat penyebaran Islam dari putra Dewi Sekardadu ini terletak di Desa Giri, Kebomas. Fakta mengejutkan datang saat 4 mahasiswa Prodi Sejarah Peradaban Islam UINSA, yakni Aldi, Elsa, Halim, dan Maya, yang sedang Magang di Dinas Kebudayaan Kabupaten Gresik ditempatkan di Museum Sunan Giri. Pak Bambang selaku pemelihara museum menyarankan mereka untuk menelisik lebih jauh fakta sejarah yang ada di Kedaton Gresik. Mereka diarahkan untuk pergi ke Kedaton Giri yang terletak di puncak bukit kelurahan Sidomukti. Berikut kisahnya sebagaimana mereka tuturkan.
Dalam penglihatan kami, ada sebuah musholla di tengah-tengah bukit. Musholla yang tampak gagah, satu-satunya musholla yang ada di Giri kedaton. Tempat inilah yang menjadi pusat penyebaran dan pemerintahan dari Sunan Giri. Rasa penasaran di benak kami mengantarkan kepada juru kunci utama dari Giri Kedaton. Awalnya ada beberapa juru kunci yang ternyata hanya membantu pekerjaan dari Pak Muchtar, selaku juru kunci utama.
Mulailah Pak Muchtar bercerita. Berawal dari Sunan Giri yang kembali dari Mekah sambil membawa tanah yang ternyata sama dengan tanah di Bukit Giri. Maka, dibangunlah sebuah pesantren di sana, dan mulailah beliau mendakwahkan agama Islam kepada masyarakat. Giri kedaton adalah pesantren dari Sunan Giri yang telah beralih fungsi menjadi sebuah kedaton untuk dijadikan pusat pemerintahan dengan tetap melakukan kegiatan-kegiatan kepesantrenan.
Kepemerintahan pertama dipegang oleh Sunan Giri pertama yakni Maulana Ainul Yaqin (Raden Paku). Lalu dilanjutkan Maulana Zainal Abidin (Sunan Ndalem). Giri Kedaton kala itu tidak mengalami perkembangan karena adanya serangan dari Kerajaan Sengguruh (bekas tentara Majapahit yang ingin membalas Sunan Giri). Setelah itu, Giri Kedaton dikosongkan dan pindah ke Gumeno. Setelah aman, Giri Kedaton beroperasi kembali di bawah pemerintahan Sunan Sedo Margi. Kekuasaan sesudahnya turun ke Sunan Giri keempat yakni Maulana Fatichal (Sunan Prapen). Di sinilah Giri Kedaton mengalami kejayaan dan syiar berkembang hingga ke wilayah timur. Sunan Prapen sendiri menjabat di Giri Kedaton selama 44 tahun (wafat di usia 96 tahun). Dinasti Giri Kedaton pada akhirnya runtuh setelah dikalahkan oleh Mataram Islam dan terpaksa tunduk di bawah kekuasaannya. Penguasa Giri Kedaton yang semula bergelar Sunan lantas berubah menjadi Panembahan.
Dari sini, kita berempat mengetahui, kenapa bangunan ataupun reruntuhan dari Giri Kedaton tidak tersisa. Bahkan bangunan dan bata-bata yang ada di Giri Kedaton saat ini adalah hasil rekonstruksi. “Tidak ada yang tersisa dari Giri Kedaton, ya tinggal itu musholla. Itupun sudah banyak renovasi,” Pak Muchtar berkata sambil menunjuk keatas, tempat berdiri satu-satunya bangunan tersisa dari Giri kedaton di tengan-tengah bukit Giri.
Lalu kita bertanya, mengapa pusat pemerintahan Giri Kedaton berada di Bukit Giri, yang terletak di Kelurahan Sidomukti, sedangkan makam dari Sunan Giri dan keluarganya ada di Kebomas. Kenapa ini bisa terjadi? Bukankah seharusnya makam diletakkan saja di Bukit Giri itu. Dengan demikian masyarakat mengetahui jika pusat pemerintahan dan penyebaran Islam dari Sunan Giri adalah di Sidomukti, Bukit Giri, bukan di Kebomas, tempat Sunan Giri dimakamkan.
Pak Muchtar tersenyum dan lalu menjelaskan, “Sunan Giri pertama, yakni Raden Paku berpesan agar saat beliau wafat tidak dimakamkan di Giri Kedaton, tetapi di daerah sekitar rumah penasihatnya yang dulunya masih hutan lebat. Karena beliau tidak ingin makamnya mengganggu pusat pemerintahan di Giri Kedaton dan agar memiliki suasana yang lebih tenang. Setelah itu, para sanak keluarganya pun menganut jejak beliau yang juga dimakamkan di daerah tersebut.” Kita berempat mengangguk mengerti. Maka, jika kalian bertanya apakah Sunan Giri berasal dari Desa Giri, jawabannya adalah tidak. Karena awal mula perjalanannya hingga penyebaran Islam berada di Sidomukti. Namun, jika yang kamu tanyakan adalah tempat berpulang beliau, sudah jelas berada di daerah Kebomas, Desa Giri.
