Di bidang pendidikan atau pembelajaran, Pascasarjana UIN Sunan Ampel melihat pentingnya pendekatan inter­disipliner dan transdisipliner bagi karya akademik seperti tesis dan disertasi. Dalam konteks ilmu-ilmu keislaman, hal ini akan memperkaya analisis, sekaligus memberi konsekuensi bagi pengajar Pascasarjana untuk memiliki pengetahuan yang luas tentang ilmu-ilmu keislaman dan penguasaan teori-teori sosial atau pendekatan sosiologis, antropologis, politik, serta penguasaan metodologi ilmiah. Dengan demikian, pendekatan multidisipliner, interdisipliner dan transdisipliner di Pascasarjana UIN Sunan Ampel harus dibangun mulai dari sumberdaya manusia pengajar, mahasiswa, dan produk karya ilmiah, baik tesis, disertasi, maupun publikasi lainnya.

Di sisi lain, pengembangan Perguruan tinggi di era sekarang meniscayakan pentingnya kerjasama. Ini dilakukan untuk meningkatkan mutu perguruan tinggi karena persaingan pada tingkat global semakin ketat. Dalam persaingan demikian ini, yang diperlukan adalah kerjasama dan kolaborasi antar universitas dan lembaga yang menunjang peningkatan mutu akademik. Masing-masing perguruan tinggi memiliki kelebihan dan keunggulan tersendiri, dan pengalaman setiap perguruan tinggi dapat di-share melalui kejasama atau kolaborasi di bidang riset dan publikasi.  Selain itu, kerjasama dan kolaborasi dilakukan untuk mengembangkan Tri Darma Perguruan Tinggi yang menitikberatkan pada pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.