Klinik merupakan sarana pelayanan di bidang kesehatan yang bersifat promotif, preventif, dan kuratif guna menunjang kelancaran proses belajar mengajar dan aktivitas akademika sehingga bisa meningkatkan produktifitas dan kenyamanan dalam menjalankan peran masing-masing. Klinik UIN Sunan Ampel Surabaya berdiri pada tanggal 5 September 2001 yang dilunya bernama Klinik IAIN Sunan Ampel Surabaya. Merupakan ide dan cikal bakal kebijakan sejak 1985-an, namun belum bisa terealisir. Jika terdapat salah satu civitas akademika ingin mendapat pelayanan kesehatan, Pimpinan melakukan sistem penunjukan dengan merekomendasikan dokter/klinik tertentu di sekitar kampus.