Program studi Magister Studi Islam adalah salah satu program studi di lingkungan UIN Sunan Ampel Surabaya yang didesain untuk memfasilitasi mahasiswa untuk mengkaji ilmu-ilmu keislaman tingkat lanjut dan untuk menghasilkan lulusan yang: 

1. Memiliki keahlian yang memadai dalam kajian keislaman dengan pendekatan interdisipliner dan transdisipliner;
2. Menghasilkan dan menyebarkan hasil-hasil kajian dan riset bidang ilmu-ilmu keislaman yang memenuhi standar ilmiah;
3. Memberikan layanan pengabdian kepada masyarakat yang religius berdasarkan hasil kajian dan riset ilmiah.