Program studi Doktor Ilmu al-Qur’an dan Tafsir UIN Sunan Ampel Surabaya adalah satu-satunya prodi jenjang Strata-3 (S3) yang ada di Jawa Timur. Prodi ini diampu oleh para guru besar dalam bidang ilmu yang linier seperti Prof. Ridlwan Nasir, Prof. Aswadi, Prof. Burhan Djamaluddin, Prof. Husein Aziz, Prof. Dr. Kadir Riyadi, MA., Prof. Dr. Idri, M.Ag., Prof. Abd. Kholid, Dr. H. M. Afifuddin Dimyathi, Lc. MA dan para guru besar lainnya. Tujuan didirikannya prodi ini untuk menghasilkan lulusan yang:

1. Mempunyai kemampuan mengembangkan konsep ilmu, dan teknologi di bidang ilmu Al-Qur’an dan Tafsir dalam berbagai karya ilmiah
2. Mempunyai kemampuan mengelola, memimpin dan mengembangkan program penelitian dalam bidang Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir
3. Mempunyai kemampuan pendekatan interdisipliner dalam berkarya di bidang ilmu-ilmu Al-Qur’an dan Tafsir.