Sejarah Fakultas Ushuluddin dan Filsafat tidak terpisahkan dari perkembangan UINSA, yang bermula dari gagasan tokoh Islam Jawa Timur pada 1960-an untuk mendirikan institusi pendidikan Islam negeri. Pada 28 Oktober 1961, berdasarkan SK Menteri Agama No. 17/1961, didirikan IAIN Cabang Surabaya sebagai bagian dari IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, dengan Fakultas Syariah di Surabaya dan Fakultas Tarbiyah di Malang. Tiga tahun kemudian, pada 1 Oktober 1964, Fakultas Ushuluddin resmi didirikan di Kediri melalui SK Menteri Agama No. 88/1964, melengkapi struktur IAIN dengan tiga fakultas regional. Pada 5 Juli 1965, melalui SK Menteri Agama No. 20/1965, IAIN Cabang Surabaya diresmikan sebagai IAIN Sunan Ampel Surabaya yang mandiri, dengan hari lahir ditetapkan pada tanggal tersebut; Fakultas Ushuluddin kemudian dipindahkan ke Surabaya untuk integrasi lebih baik.

Pada 1997, melalui Perpres No. 11/1997, IAIN Sunan Ampel menjadi kampus mandiri tanpa fakultas cabang daerah. Transformasi signifikan terjadi pada 1 Oktober 2013, ketika IAIN Sunan Ampel ditingkatkan statusnya menjadi UIN Sunan Ampel melalui Perpres No. 65/2013, memungkinkan pengembangan fakultas ke arah multi dan interdisipliner. Fakultas Ushuluddin berevolusi menjadi Fakultas Ushuluddin dan Filsafat pada periode pasca-UIN, dengan penambahan program studi pascasarjana dan doktoral untuk memperkuat riset ke-ushuluddin-an. Saat ini, FUF terus berkembang melalui kolaborasi internasional, seperti dengan Universiti Kebangsaan Malaysia, sambil mempertahankan komitmen pada paradigma “Integrated Twin Towers” yang mengintegrasikan ilmu agama dan umum.

Program studi di Fakultas Ushuluddin dan Filsafat UIN Sunan Ampel Surabaya terdiri dari enam program sarjana (S1) yaitu Aqidah dan Filsafat Islam, Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir, Ilmu Hadist, Pemikiran Politik Islam, Studi Agama-Agama, dan Tasawuf dan Psikoterapi; tiga program magister (S2) meliputi Magister Aqidah dan Filsafat Islam, Magister Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir, serta Magister Ilmu Hadist; serta satu program doktoral (S3) yaitu Doktor Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir.

Adapun pimpinan fakultas lintas periode adalah sebagai berikut:

1. Visi

   Menjadi fakultas terkemuka dalam pengembangan keilmuan Islam, filsafat, dan pemikiran keagamaan berbasis integrasi keilmuan, inovasi, dan pemberdayaan masyarakat yang berdampak pada kemaslahatan bangsa dan kemanusiaan.

2.  

   Misi

   • Menyelenggarakan pendidikan keilmuan Islam, filsafat dan pemikiran keagamaan yang terbuka, adil, dan berkualitas.
   • Melaksanakan kegiatan Tridharma berbasis integrasi ilmu-ilmu Ushuluddin dan Filsafat dengan pendekatan multidisipliner yang berdampak bagi masyarakat.
   • Menghasilkan lulusan yang kritis, inklusif, berintegritas, dan berdaya saing di tingkat global sebagai pemikir, peneliti, dan aktor perubahan sosial.
   • Membangun atmosfer akademik kolaboratif yang mendukung pengembangan pemikiran keagamaan yang kontekstual dan responsif terhadap persoalan kemanusiaan.
   • Menciptakan tata kelola fakultas yang baik (good university governance).