SEBAGAI UNIT PENUNJANG AKADEMIK PADA LEMBAGA PENDIDIKAN, LABRORATORIUM FUF SEBAGAI TEMPAT MAHASISWA DAN DOSEN MELAKUKAN PRAKTIKUM PENELITIAN DAN PENGABDIAN MASYARAKAT DALAM LINGKUP KEILMUAN FUF, MAKA MISINYA ADALAH: ‘MENJADI  LABORATORIUM YANG UNGGUL, KOMPETITIF DAN BERSKALA INTERNASIONAL DI BIDANG PENELITIAN DAN PENGABDIAN KEPADA MASYARAKAT DI LINGKUP KEILMUAN FUF’. 

Laboratorium FUF sesuai dengan kekuatan dan peralatan yang ada memiliki dua program; yakni program umum dan unggulan. Program umum adalah pelayanan kepada mahasiswa dan dosen di dalam melakukan penelitian seperti penelusuran sumber-sumber Pustaka dan kitab-kitab turath melalaui digital library (hadis, tafsir, filsafat, tasawuf, kitab-kitab agama lainnya ). Sedangkan yang berupa unggulan adalah; 1) Laboratorium Psicho-Terapi dengan layanan; relaksasi, holistic terapi, healing, ruqyah, konseling pernikahan dan keluarga, dan konsultasi mahasiswa dan umum; 2) . Laboratorium jurnal, di mana FUF memiliki 4 (empat) jurnal ilmiah berkala nasional sinta 2 yang sampai saat ini menjadi mercu suar dan kebanggaan FUF.