Para pemustaka Perpustakaan UIN Sunan Ampel Surabaya akan dikenai sanksi apabila:

1. pemustaka yang terlambat mengembalikan koleksi perpustakaan diwajibkan membayar denda sebesar Rp. 500,- (lima ratus rupiah) per hari per eksemplar untuk koleksi umum, dan per jam per eksemplar untuk koleksi tandon sebesar Rp. 2.000,- (dua ribu rupiah),
2. pemustaka yang menghilangkan koleksi perpustakaan wajib mengganti dengan judul buku yang sama dan biaya pemrosesan sebesar Rp. 15.000,- (lima belas ribu rupiah),
3. pemustaka yang membuat buku sobek atau rusak harus memperbaiki buku tersebut atau mengganti buku baru dengan judul buku yang sama,
4. pemustaka yang masih memiliki pinjaman buku, sedang batas waktu pengembaliannya telah lewat, tidak diperkenankan untuk meminjam, sebelum melunasi denda dan mengembalikan buku tersebut,
5. apabila pemustaka diketahui menggunakan kartu anggota milik pemustaka lain, maka sanksi skorsing selama 1 (satu) bulan tidak hanya dikenakan kepada yang meminjam tetapi juga diekenakan kepada yang meminjami kartu anggota perpustakaan, dan
6. apabila pemustaka dari lembaga lain membawa koleksi perpustakaan ke luar tanpa melalui prosedur (mencoba menghilangkan buku), maka mereka dicabut keanggotaannya serta dilaporkan ke lembaga atau instansi induknya,
7. apabila masuk perpustakaan membawa buku yang sudah dipinjam maka yang bersangkutan wajib mengembalikan buku tersebut di bagian sirkulasi.