Program Studi Sistem Informasi UIN Sunan Ampel Surabaya merupakan program studi di bawah naungan Jurusan Sains Fakultas Sains dan Teknologi yang telah memperoleh Akreditasi dengan predikat Akreditasi Baik Sekali oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) pada 4 April 2023 berdasarkan surat keterangan 1253/SK/BAN-PT/Ak.KP/S/IV/2023.