Program Studi Doktor Pendidikan Agama Islam (S3 PAI) UIN Sunan Ampel Surabaya merupakan program pendidikan akademik jenjang doktor yang dirancang untuk mengembangkan dan memajukan keilmuan Pendidikan Agama Islam melalui pendekatan riset yang mendalam, kritis, dan integratif. Program ini berorientasi pada penguatan tradisi keilmuan Islam yang dikembangkan secara dialogis dengan ilmu-ilmu modern dalam kerangka paradigma Integrated Twin Towers sebagai ciri khas keilmuan UIN Sunan Ampel Surabaya.
Secara epistemologis, Program Doktor PAI menempatkan Pendidikan Agama Islam bukan sekadar sebagai praktik pedagogis normatif, melainkan sebagai bidang kajian ilmiah (field of inquiry) yang terbuka terhadap pengembangan teori, rekonstruksi paradigma, dan inovasi metodologis. Oleh karena itu, kajian PAI dalam program ini dikembangkan melalui integrasi ilmu-ilmu keislaman—seperti tafsir, hadis, fikih pendidikan, filsafat Islam, dan tradisi tarbiyah—dengan ilmu-ilmu modern seperti pendidikan, psikologi, sosiologi, antropologi, kebijakan publik, dan teknologi pendidikan.
Program Studi Doktor PAI berfokus pada pengembangan riset orisinal dan bermutu tinggi yang berkontribusi pada penguatan teori, model, dan kebijakan Pendidikan Agama Islam yang kontekstual dengan dinamika kebangsaan, keberagaman, globalisasi, dan digitalisasi. Proses pendidikan diarahkan untuk membentuk lulusan sebagai pengembang keilmuan, peneliti unggul, akademisi senior, intelektual publik, serta perumus kebijakan pendidikan keagamaan yang berbasis riset dan nilai-nilai keislaman.
Dalam pelaksanaannya, Program Doktor PAI menerapkan pendekatan outcome-based education (OBE) dengan penekanan pada penguasaan metodologi penelitian lanjutan, publikasi ilmiah pada jurnal nasional terakreditasi dan jurnal internasional bereputasi, serta penguatan jejaring keilmuan nasional dan internasional. Program ini juga menanamkan etika akademik, integritas ilmiah, dan tanggung jawab sosial sebagai fondasi utama dalam pengembangan keilmuan Pendidikan Agama Islam yang berkeadaban.
Dengan karakter tersebut, Program Studi Doktor Pendidikan Agama Islam UIN Sunan Ampel Surabaya diharapkan menjadi pusat pengembangan keilmuan PAI yang unggul, transformatif, dan berdaya saing global, sekaligus berkontribusi nyata bagi penguatan peradaban Islam, sistem pendidikan nasional, dan masyarakat global.